Pengenaan pidana bertujuan melindungi kepentingan negara menjaga tertib hukum serta memberikan efek jera terhadap perbuatan yang merugikan keuangan negara dan sistem perdagangan.
Jenis pidana yang pertama adalah pidana penjara. Pidana ini dikenakan terhadap pelaku yang dengan sengaja melakukan perbuatan melawan hukum di bidang kepabeanan seperti penyelundupan atau perbuatan lain yang menimbulkan kerugian negara.
Pidana penjara mencerminkan tingkat keseriusan pelanggaran dan sifat kesengajaan dari perbuatan tersebut.
Jenis pidana berikutnya adalah pidana denda. Pidana denda dikenakan sebagai hukuman finansial atas pelanggaran kepabeanan.
Denda ini biasanya dijatuhkan bersamaan dengan pidana penjara atau sebagai pidana berdiri sendiri tergantung pada sifat dan dampak pelanggaran yang dilakukan.
Dalam konteks kepabeanan pidana juga dapat dikenakan terhadap korporasi. Pertanggungjawaban pidana korporasi memungkinkan badan usaha untuk dimintai pertanggungjawaban atas pelanggaran kepabeanan yang dilakukan dalam lingkup kegiatan usahanya.
Pidana terhadap korporasi umumnya berupa pidana denda atau tindakan hukum lain sesuai ketentuan yang berlaku.
Selain pidana pokok terdapat pula pidana tambahan dalam perkara kepabeanan. Pidana tambahan dapat berupa perampasan barang hasil pelanggaran atau alat yang digunakan untuk melakukan tindak pidana kepabeanan.
Tujuan pidana tambahan adalah mencegah pengulangan pelanggaran dan menghilangkan keuntungan yang diperoleh secara melawan hukum.
Penerapan pidana dalam kepabeanan dilakukan melalui proses peradilan pidana setelah terpenuhinya unsur perbuatan melawan hukum dan kesalahan pelaku.
Tidak setiap pelanggaran kepabeanan langsung berujung pada pidana karena hukum kepabeanan juga mengenal sanksi administratif. Pidana diterapkan sebagai ultimum remedium terhadap pelanggaran yang bersifat serius.
Dengan adanya jenis pidana dalam kepabeanan sistem hukum menegaskan bahwa kepatuhan terhadap ketentuan kepabeanan merupakan kewajiban hukum yang tidak dapat diabaikan.
Penegakan pidana berfungsi menjaga keadilan melindungi kepentingan negara serta menciptakan iklim perdagangan yang tertib dan berintegritas.